Menceritakan dua tahun setelah Perang Dunia Shinobi Keempat. Bulan yang digunakan oleh Otsutsuki Hagoromo (Rikudo Sennin) untuk menyegel kulit luar Juubi (Gedou Mazo), mulai terpecah dan pecahannya akan menabrak Bumi. Hal tersebut disebabkan oleh seorang keturunan adik dari Rikudou Sennin, Otsutsuki Hamura yaitu Otsutsuki Toneri. Tidak hanya berencana menghancurkan Bumi, Toneri juga menculik Hyuuga Hanabi agar bisa mendapatkan Hyuuga Hinata. Naruto dan teman-temannyapun tidak tinggal diam. Mereka pergi ke bulan untuk menghentikan rencana Toneri dan membawa kembali Hanabi.